Για την επίτευξη της αποστολής τους, τα ΠΕ.Κ.Ε.Σ. ασκούν, ιδίως, τις ακόλουθες αρμοδιότητες:

α) Οργανώνουν και υλοποιούν επιμορφωτικά προγράμματα για τους εκπαιδευτικούς, σε επίπεδο περιφερειακής διεύθυνσης εκπαίδευσης, διεύθυνσης εκπαίδευσης, ομάδας σχολείων ή σχολικής μονάδας, σε συνεργασία με το Ινστιτούτο Εκπαιδευτικής Πολιτικής (Ι.Ε.Π.), εφόσον πρόκειται για κεντρικά σχεδιασμένα επιμορφωτικά προγράμματα, ή με δικό τους σχεδιασμό για θέματα που προκύπτουν από την καταγραφή των αναγκών των σχολικών μονάδων και Ε.Κ. της περιοχής ευθύνης τους.
β) Οργανώνουν σεμινάρια επιμόρφωσης με τη συμμετοχή στελεχών των Κ.Ε.Σ.Υ., των Κ.Ε.Α. και των Ε.Κ.Φ.Ε., εκπαιδευτικών με αυξημένα προσόντα ή/και εμπειρία σε συγκεκριμένα θέματα, καθώς και μελών Διδακτικού – Ερευνητικού Προσωπικού (Δ.Ε.Π.) των Α.Ε.Ι. ή/και επιστημονικών φορέων.
γ) Υποστηρίζουν τις σχολικές μονάδες και Ε.Κ. της περιοχής ευθύνης τους στη διαδικασία συλλογικού προγραμματισμού του εκπαιδευτικού έργου, καθώς και της υλοποίησης και της ανατροφοδοτικής αποτίμησής του.
δ) Μελετούν συστηματικά τις εκθέσεις συλλογικού προγραμματισμού και ανατροφοδοτικής αποτίμησης του εκπαιδευτικού έργου των σχολικών μονάδων και Ε.Κ. της περιοχής ευθύνης τους, με σκοπό την αποδελτίωση των αιτημάτων και των αναγκών των εκπαιδευτικών για επιμόρφωση και υποστήριξη, και προβαίνουν στον κατάλληλο σχεδιασμό και συλλογικό προγραμματισμό του έργου τους.
ε) Οργανώνουν την ενημέρωση των εκπαιδευτικών στα σύγχρονα επιστημονικά, παιδαγωγικά και διδακτικά θέματα, προάγοντας καλές πρακτικές και νέες παιδαγωγικές προσεγγίσεις, καθώς και την εισαγωγή των νέων τεχνολογιών στην εκπαιδευτική πράξη.
στ) Ενημερώνουν τους εκπαιδευτικούς για τα προγράμματα σπουδών, τα νέα βιβλία, τις αλλαγές στα αναλυτικά προγράμματα και τους τρόπους αξιολόγησης μαθημάτων και μαθητών.
ζ) Μεριμνούν, σε συνεργασία με τα Κ.Ε.Σ.Υ., για:
αα) την εφαρμογή αντισταθμιστικών εκπαιδευτικών προγραμμάτων για την αντιμετώπιση φαινομένων όπως η σχολική αποτυχία, η διαρροή μαθητών και ο σχολικός εκφοβισμός,
ββ) την καταπολέμηση κάθε μορφής αποκλεισμού και διακρίσεων και την προώθηση της ενταξιακής εκπαίδευσης, ενισχύοντας και στηρίζοντας τους εκπαιδευτικούς με επιμορφώσεις, και
γγ) την οργάνωση επιμορφωτικών σεμιναρίων για γονείς, με στόχο την ενημέρωσή τους σε θέματα που αφορούν το γονεϊκό τους ρόλο, καθώς και σε ζητήματα που αφορούν τη συνεργασία με τους εκπαιδευτικούς ή/και άλλες υποστηρικτικές δομές της τοπικής κοινότητας.
η) Στηρίζουν, σε συνεργασία με τα Κ.Ε.Α., τη διοργάνωση καινοτόμων προγραμμάτων σχολικών δραστηριοτήτων σε θέματα περιβάλλοντος, πολιτισμού και υγείας, σύμφωνα με τις προτεραιότητες της εκπαιδευτικής πολιτικής και τις ανάγκες των σχολικών μονάδων και Ε.Κ.
θ) Παρακολουθούν και στηρίζουν τη λειτουργία των σχολικών εργαστηρίων και βιβλιοθηκών, υποστηρίζουν την αξιοποίηση του υλικού και του εξοπλισμού τους και εισηγούνται, εφόσον τους ζητηθεί από τις αρμόδιες υπηρεσίες του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων σύμφωνα με την παρ. 3 του άρθρου 42 του ν. 1566/1985, για τον εκσυγχρονισμό των εποπτικών μέσων και του εργαστηριακού εξοπλισμού.
ι) Φροντίζουν για τη διευκόλυνση των εκπαιδευτικών όλων των ειδικοτήτων στο εκπαιδευτικό τους έργο, θέτοντας στη διάθεσή τους εκπαιδευτικό υλικό για αξιοποίηση.
ια) Διαμορφώνουν, από κοινού με τα Ακαδημαϊκά Συμβούλια Ανώτατης Εκπαίδευσης και Έρευνας (Α.Σ.Α.Ε.Ε.) που προβλέπονται στο άρθρο 49 του ν. 4485/2017 (Α΄ 114), προγράμματα συνεργασίας των σχολικών μονάδων και Ε.Κ., των ΚΕ.Σ.Υ. και των Κ.Ε.Α. με τα Α.Ε.Ι. της οικείας περιφέρειας.

Τα ΠΕ.Κ.Ε.Σ. υποστηρίζονται στο έργο τους από το Ι.Ε.Π. και τη Γενική Διεύθυνση του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων που είναι αρμόδια για θέματα σπουδών πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης, όπου και υποβάλλουν τον ετήσιο συλλογικό προγραμματισμό και την ανατροφοδοτική αποτίμηση του εκπαιδευτικού έργου τους. Ειδικότερα, για τα θέματα που αφορούν στα εκκλησιαστικά σχολεία και τα μουσουλμανικά ιεροσπουδαστήρια, τα ΠΕ.Κ.Ε.Σ. υποστηρίζονται στο έργο τους από το Ι.Ε.Π. και την αρμόδια για θέματα θρησκευτικής διοίκησης Διεύθυνση του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, στην οποία επίσης υποβάλλουν τον ετήσιο συλλογικό προγραμματισμό και την ανατροφοδοτική αποτίμηση του εκπαιδευτικού έργου τους